醫療廢水處理中的污水除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒(常用熟石灰消毒)或高溫堆肥后方可用作肥料。

       醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有:診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素治療診斷、手術室等排水。醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。醫院污水較一般生活污水排放情況復雜，含有病原性微生物、有毒、有害的物理化學污染物和放射性污染等，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境。

       醫療廢水處理的基本方法有三類：物理法、化學法和微生物法，目前醫院更多采用的是化學方法，物理方法主要是是針對醫院廢水進行沉淀、分離、冷熱處理等操作。化學方法在醫院廢水處理中應用更為廣泛，目前常用的方法包括：氯化消毒法、氧化劑消毒法、輻射消毒等，微生物處理法作為當前科技附加值較高的方法，逐步受到了人們的青睞。